iTRAQ技術鑒定到的差異蛋白只有通過構建網絡的手段，才能觀測到對實際樣品解釋非常有意義的分子和其網絡，這一步對篩選什么樣的分子進行后期功能驗證非常重要。
 
常用幾種種呈現方式：相互作用網絡,轉錄因子網絡等，如圖所示。