肽段從頭測序又稱De-novo,手工De-novo測序需要很強的專業知識，并且費時較多。一個可靠的自動De-novo測序方法可以節省很多時間，減少實驗費用。De-novo測序以前被認為速度很慢，因此，通常是在沒有蛋白數據庫的時候才會用到。不過近年發展的一些軟件如PNovo,PEAKS,在準確性和速度上都有很大提高，被廣泛認可。即使沒有數據庫，De-novo測序也可以在以下方面幫助肽段鑒定。
      第一，De-novo測序肽段和數據庫檢索匹配或者類似可以驗證數據庫檢索結果的正確性；
      第二，De-novo測序肽段如果不在數據庫檢索中出現則有可能是樣品中的新肽段，值得進一步驗證，如意外修飾或者肽段突變。      
       De-novo肽段測序的主要思想是用兩個碎片例離子的質量差異來計算肽段股價上的氨基酸殘基。但是質譜譜圖本身并不告訴我們每個峰對應的離子類型，因而在De-novo肽段測序中要求人工或者一種算法去確定離子類型。        第一，適用于未知肽段測序（包括N端封閉的肽段測序）      第二，未測序物種蛋白測序
   

                                                          肽段序列MS/MS譜圖