對iTRAQ實驗結果得到的差異分子進行生物通路數據分析，可以獲取所有提交的蛋白在各個通路的各個節點中的相對表達量。
常用如下三種方法進行iTRAQ數據分析：

說明： KEGG 通路圖。綠色節點為某個物種中表達的基因。紅框表示基因表達差異的分子。藍色bar表示蛋白在多個樣本中的相對表達量趨勢。

說明：BIOCARTA通路圖。藍色bar表示蛋白在多個樣本中的相對表達量趨勢。

第三種：在Protein Lounge 通路中的Mapping

說明：藍色bar表示蛋白在多個樣本中的相對表達量趨勢。